Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex 2nd GIG

Após o encerramento do caso "Homem Risonho", a Seção 9 é restabelecida pela recém-eleita Primeira-Ministra do Japão, Youko Kayabuki, para combater a persistente ameaça do ciberterrorismo. Um grupo autodenominado "Os Onze Individuais" começou a cometer atos terroristas por todo o Japão. Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Seção 9 investigam essa nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise paralela, com refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial buscando asilo no Japão. Mas, à medida que os membros da equipe de operações especiais se deparam repetidamente com Gouda Kazundo — um membro importante do Serviço de Inteligência do Gabinete — em sua busca, eles começam a suspeitar que ele possa estar envolvido e que os eventos da crise dos refugiados e dos Onze Individuais possam estar mais conectados do que imaginam...